Uji Coba Muat Jsmol


Hasil penampilan Jmol di wordpress.


Kode yang digunakan:

<script type="text/javascript" src="jmol/jsmol/JSmol.min.js"></script>
<script type="text/javascript">
var Info41 = {
width: 320,
height: 320,
debug: false,
color: "0xffffff",
addSelectionOptions: false,
serverURL: "jmol/jsmol/php/jsmol.php",
use: "HTML5",
j2sPath: "jmol/jsmol/j2s",
disableJ2SLoadMonitor: true,
disableInitialConsole: true,
allowJavaScript: true,
script: "load http://urip.blogchem.com/FileMolCool/CHCl3-2.mol; frank off; set antialiasdisplay true; zoom 180; move 0 90 0 0 0 0 0 0 1; measure allconnected (*)(*); set measurementUnits 'PM'; set echo bottom center; color echo green; font echo 12 bold;; echo Dibuat oleh urip.info;",}
</script>

Hasil penampilan Jmol di wordpress.
<script type="text/javascript">Jmol.getApplet("Jmol41", Info41);</script>

Data file molekul *.log gaussian untuk penampil MO Jmol

Berikut ini adalah kumpulan berkas *.log yang diambil dari vchem3d dot univ-tlse3 dot fr. Berkas berikut dapat dijadikan contoh untuk visualisasi orbital molekul pada Jmol maupun untuk software kimia lainnya. Mari gunakan secara bijak untuk kebutuhan pembelajaran kimia di Indonesia.

  1. acetic-acid-mos.log
  2. acetone-mos.log
  3. allene-mos.log
  4. ammoniac-mos.log
  5. benzoquinone-mos.log
  6. chloroethane-mos.log
  7. co-mos.log
  8. cpmoins-mos.log
  9. cyclopentadienone-mos.log
  10. dimethylamine-mos.log
  11. e-butadiene-mos.log
  12. ethane-decale-mos.log
  13. ethyne-mos.log
  14. furan-mos.log
  15. h2o-mos.log
  16. hexatriene-mos.log
  17. hf-mos.log
  18. imine-mos.log
  19. maleic-anhydride-mos.log
  20. methane-mos.log
  21. methanol-mos.log
  22. pyridine-mos.log
  23. pyrimidine-mos.log
  24. pyrrole-mos.log
  25. rgrignard-mos.log
  26. z-butadiene-mos.log

Data molekul untuk Jmol yang dapat digunakan

Berikut ini data molekul yang biasa digunakan sebagai contoh simulasi Jmol. Dapat diunduh untuk digunakan secara daring maupun luring.

  1. 04182.cif
  2. 04210d.cif
  3. 04369a.cif
  4. 10x10pmesh.txt
  5. 114d.cif
  6. 1a3n.pdb
  7. 1ADE.cif
  8. 1AL4.pdb
  9. 1B2K.cif
  10. 1bkx.pdb
  11. 1BLC.cif
  12. 1blu.pdb
  13. 1bna.pdb
  14. 1cdr.pdb
  15. 1CRC.cif
  16. 1crn-molecular.jvxl
  17. 1crn-solvent.jvxl
  18. 1crn.jvxl
  19. 1crn.mol2
  20. 1crn.pdb
  21. 1crnnav.pdb
  22. 1crntest.pdb
  23. 1d01.pdb
  24. 1d66.pdb
  25. 1dry-mep.jvxl
  26. 1dry.pdb
  27. 1ECN.cif
  28. 1HF4.cif
  29. 1hje.cif
  30. 1hje.pdb
  31. 1JGQ.pdb
  32. 1LDN.cif
  33. 1LIN.cif
  34. 1lmb.efvet.gz
  35. 1lmb.pdb
  36. 1mbo.cif
  37. 1mng.cif
  38. 1MYG.cif
  39. 1myg_2.cif
  40. 1p84.cif
  41. 1PHA.cif
  42. 1PHB.cif
  43. 1qys.pdb
  44. 1sva.pdb
  45. 1VIF.cif
  46. 1VWH.cif
  47. 1VWP.cif
  48. 1w2i.xml
  49. 1w2i_xplor.png
  50. 1XIS.cif
  51. 1XY1.cif
  52. 1XY2.cif
  53. 1zir.cif
  54. 2-ClBu.mol
  55. 2-ClBu.spt
  56. 2BY9.pdb
  57. 2by9_2.pdb
  58. 2LHB.cif
  59. 2ptn-molecular_slice1.jvxl
  60. 2ptn-molecular_slice2.jvxl
  61. 2ptn-molecular_slice3.jvxl
  62. 2ptn.cif
  63. 2qnh.pdb.gz
  64. 2TBV.cif
  65. 3cc2_900-1100.pdb
  66. 3CC2_HmKt38.pdb
  67. 3CC2_HmKt7.pdb
  68. 3cc2_Kt7.pdb
  69. 3dna.alc
  70. 3hyd.pdb
  71. 3hyd_map.ccp4
  72. 3hyd_map.ccp4.gz
  73. 3ovo.cif
  74. 4DFR.cif
  75. 5BIR.cif
  76. 5hvp.cif
  77. acetic%20acid.spartan
  78. acetic_acid.gamess
  79. aceticacid_nbo.log
  80. acetone.csf
  81. adenine.alc
  82. AgFUPMOS.cif
  83. ala_5_180_0.pdb
  84. Andalusite.struct
  85. asp.mol2
  86. aspirin.alc
  87. benzene-homo.cub.gz
  88. benzene.xml
  89. benzenevib.spardir.html
  90. Bisphenol.xml
  91. blueshade.png
  92. bob1.png
  93. bob2.png
  94. bs.prmtop.gz
  95. bs_md1.coord.gz
  96. bs_md2.coord.gz
  97. bs_md3.coord.gz
  98. btnAnim.spt
  99. btnCartoon.spt
  100. btnCavity.spt
  101. btnSurface.spt
  102. buttons.spt
  103. c2h.xyz
  104. c2v.xyz
  105. c3h.xyz
  106. c5v.xyz
  107. c6.xyz
  108. c60.xyz
  109. c6h12.txt
  110. c6h12.xyz
  111. C6H6-mep.jvxl
  112. C6H6.smol
  113. c6hb.xyz
  114. c6v.xyz
  115. caffeine.jpg
  116. caffeine.pdf
  117. caffeine.xyz
  118. caffeine2.xyz
  119. caffeine_21_21_21.png
  120. caffeineDT.xyz
  121. calcite.cif
  122. calcVolume.txt
  123. castep.cell
  124. ch2o_homo.mo
  125. ch3cl-density.cub.gz
  126. ch3cl-esp.cub.gz
  127. ch3cl-solvent.jvxl
  128. ch3cl.cub
  129. ch3cl.jvxl
  130. ch3cl.mol
  131. ch3cl_map.jvxl
  132. ch3f.mol2
  133. CH3F.smol
  134. cholesterol.mol
  135. contour.jvxl
  136. contourf.jvxl
  137. createJvxlSurfaces.spt
  138. cscl.mol2
  139. cyclohexane_movie.xyz
  140. d3d.xyz
  141. d3h.xyz
  142. d4.xyz
  143. d4d.xyz
  144. d4h.xyz
  145. d5.xyz
  146. d5f.xyz
  147. d6.xyz
  148. d8h.xyz
  149. d_orbitals_2.jvxl
  150. diamond.cif
  151. dickite.cif
  152. dxy-phase.cube
  153. dxy.cube
  154. estrone.jme
  155. ethanol.xml
  156. ethene-HOMO.cub.gz
  157. ethene.jvxl
  158. ethene.spartan
  159. f1.in
  160. f2.in
  161. fe%28c5h5%292.mgf
  162. FeBr2.csf
  163. FeF2.struct
  164. Formaldehyde.mgf
  165. full_PBE40.out
  166. func.jvxl
  167. functionxy.jvxl
  168. fxy.jvxl
  169. fxycontour.jvxl
  170. gamess-RHF-3-21G.log
  171. gamess-UHF-3-21G.log
  172. Gaussian.csf
  173. gibbs.jvxl
  174. gold.cif
  175. gold.spt
  176. gold3.spt
  177. groups.scr
  178. guga.gamess.gz
  179. H2-OPT.log
  180. h2o-crude.xyz
  181. H2O.adf.dgrid
  182. hb.pdb.gz
  183. heme.pdb
  184. hydroxy.struct
  185. ice.pdb
  186. icsd_200866.cif
  187. icsd_250072.cif
  188. icsd_26520.cif
  189. ih.xyz
  190. ir.out
  191. iso.spt
  192. iso1.jvxl
  193. iso10.jvxl
  194. iso10b.jvxl
  195. iso11.jvxl
  196. iso11b.jvxl
  197. iso12.jvxl
  198. iso12b.jvxl
  199. iso13.jvxl
  200. iso13b.jvxl
  201. iso14.jvxl
  202. iso14b.jvxl
  203. iso1b.jvxl
  204. iso2.jvxl
  205. iso2b.jvxl
  206. iso3.jvxl
  207. iso3b.jvxl
  208. iso4.jvxl
  209. iso4b.jvxl
  210. iso5.jvxl
  211. iso5b.jvxl
  212. iso6.jvxl
  213. iso6b.jvxl
  214. iso7.jvxl
  215. iso7b.jvxl
  216. iso8.jvxl
  217. iso8b.jvxl
  218. iso9.jvxl
  219. iso9b.jvxl
  220. isob.spt
  221. job656_density.mo
  222. kaolin.mol
  223. ketone.jme
  224. kuds0105a.ccdc.cif
  225. lac_dna1.pdb.gz
  226. lac_dna1.spt
  227. lac_dna2.spt
  228. live3DJmol.pdf
  229. lta-11%281%29.xyz
  230. maleic.cif
  231. mecy.jme
  232. methanol.csf
  233. methanol.spartan
  234. methylacetate.csf
  235. mgo_slab.out
  236. minrot.spt
  237. multi-mo.txt
  238. multi-surface.txt
  239. multiProcessTest.txt
  240. n-butane2.spardir.html
  241. n-butane_M0001.jxyz
  242. nacl.cif
  243. NaCl.mol
  244. NaCl_iso.png
  245. nank0104a.ccdc.cif
  246. nanotour.pdb
  247. NdZrO.struct
  248. nepheline.cif
  249. NiCO3.struct
  250. Olivine.struct
  251. orbital%20hibrida%20sp3d.html
  252. P4O10.mol
  253. plane.jvxl
  254. plane1.jvxl
  255. plane2.jvxl
  256. planes.jvxl
  257. pmesh.bin
  258. PolyBisphenol.xml
  259. polyhelix.spt
  260. polymer.out
  261. pro.spardir.html
  262. Pyrope.struct
  263. qtest.cif
  264. quartz-slab.cif
  265. quartz.cif
  266. quartz.mol
  267. quartz.png
  268. quartz_111.png
  269. quartz_packed.png
  270. quartz_xyz.png
  271. sample.obj
  272. sebi0105c.ccdc.cif
  273. SF6.smol
  274. SolidNaOH.pdb
  275. SrTiO3.struct
  276. SrTiO3t.struct
  277. star2.gif
  278. stereo.jme
  279. STOa.v.xyz
  280. t.31
  281. t.37
  282. t.46
  283. t.pdb
  284. t21.adf
  285. TCBEWREA.mol
  286. team0104a.ccdc.cif
  287. test.jme
  288. test.zip
  289. test1.spt
  290. test1.txt
  291. test1.zip
  292. test2.spt
  293. testpmesh.txt
  294. testscript.spt
  295. testscript2.spt
  296. testscripts.spt
  297. thyroxine.cml
  298. thyroxinenoh.mol
  299. Ti2O3.cif
  300. Ti2O3.struct
  301. timnav.spt
  302. TiO.struct
  303. titanium.cif
  304. tri.htm
  305. tri.spt
  306. trimethylamine.jme
  307. troilite.cif
  308. vasprun.xml
  309. vibs.smol
  310. Water%21Liquid.xml
  311. water-AM1.sparchive
  312. water-G03W.out
  313. water.xyz
  314. water19.mo
  315. water35.mo
  316. water_pmesh.xyz
  317. XeF4.smo
  318. xxxx.pdb
  319. y1237.cif
  320. zinc.mol2
  321. zircon.xyz
  322. ZNQUKROD.mol
  323. ZnSO4%21Solution.odydata

Ini di unggah kembali dari pangkalan data di sini.

Beberapa data dalam molekul sebaiknya tidak diaku milik pribadi. Ini hanya untuk pembelajaran belaka.

Jmol dan Pembelajaran Kimia

Potensi besar yang dapat digunakan untuk pembelajaran kimia terdapat dalam Jmol. Jmol dapat digunakan secara daring maupun luring.

Untuk Jmol luring pengguna perlu tahu beberapa perintah yang dapat digunakan dalam Jmol sebab tidak semua perintah tersedia dalam menu utama Jmol.

Perintah-perintah umumnya dapat dijalankan melalui Console. Semua perintah dapat dibaca di sini.

Contoh web aplikasi jmol yang diunggah ke blog ini dari web stolaf dot edu adalah seperti berikut: http://blogchem.com/urip/jmol/jsmol/simple2.htm